中国环境保护产业协会水污染治理委员会设常务委员会，由主任委员、副主任委员、秘书长、常务委员组成；委员会另设日常办事机构即由秘书长领导的秘书处，现分为三个部门：综合办公室、技术部、信息部。
组织结构示意图：

通过2006年底换届改选工作的完成，新一届委员会现有常务委员共53名，主任委员1名，副主任委员12名，其中常务副主任委员兼秘书长1名。